Mae J1939 ac NMEA 2000 ill dau yn seiliedig ar brotocol bysiau Rhwydwaith Ardal y Rheolydd (CAN) ac yn rhannu llawer o debygrwydd, ond mae ganddynt rai gwahaniaethau pwysig hefyd.
Mae J1939 yn brotocol a ddyluniwyd ar gyfer cerbydau trwm a chymwysiadau diwydiannol, tra bod NMEA 2000 yn brotocol a ddyluniwyd yn benodol ar gyfer cymwysiadau morol. Er bod y ddau brotocol yn defnyddio'r un dechnoleg bws CAN sylfaenol, mae rhai gwahaniaethau allweddol o ran y mathau o ddata a drosglwyddir, y mathau o ddyfeisiau a ddefnyddir, a'r ffordd y mae'r rhwydweithiau wedi'u ffurfweddu.
Un o'r prif wahaniaethau yw'r ffordd yr eir i'r afael â dyfeisiau ar y rhwydwaith. Yn J1939, rhoddir cyfeiriad unigryw i bob dyfais, tra yn NMEA 2000, rhoddir dynodwr unigryw i bob dyfais yn seiliedig ar ei math, ac anfonir negeseuon at fathau penodol o ddyfeisiau yn hytrach na chyfeiriadau penodol.
Gwahaniaeth arall yw'r mathau o negeseuon sy'n cael eu cefnogi. Mae J1939 yn cefnogi ystod eang o fathau o negeseuon ar gyfer gwahanol fathau o ddata, tra bod NMEA 2000 yn canolbwyntio'n bennaf ar ddata morol fel llywio, injan, a data tywydd.
Yn olaf, mae gwahaniaethau yn y cysylltwyr ffisegol a'r ceblau a ddefnyddir ar gyfer y ddau brotocol. Mae J1939 fel arfer yn defnyddio cysylltwyr Deutsch a cheblau dyletswydd trwm, tra bod NMEA 2000 yn defnyddio cysylltwyr llai, diddos a cheblau teneuach sydd wedi'u cynllunio i'w defnyddio mewn amgylcheddau morol.
